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馬偕在自宅展開免費醫療的工作，教導民眾公共衛生知識，為人拔除蛀牙，贈送虐疾特效藥，治療腳膿瘡（俗稱臭腳粘），並由國外輸入蔬菜種子如蘿蔔、甘藍菜、蕃茄、敏豆、花椰菜、胡蘿蔔等，介紹給農民種植。馬偕大量傳輸西洋科學知識到中國，由立體方式傳播福音，從此歸信的人與日俱增。馬偕蒐藏文物的智慧與鑑別文物的能力，令人刮目相看。他在1893年第二次返回加拿大時，曾運走600件台灣民俗文物，其中三分之二為漢人所有，三分之一為原住民所有；原住民文物中，又以凱達格蘭佔大多數，這些文物現在存放在加拿大多倫多安大略博物館地下室,馬偕常常和助手旅行布道，深入平埔族、熟蕃、南勢蕃、生蕃區住的村落，隨時在路邊幫人拔牙，曾在日記上記載他昨天拔了多少牙，今天又拔了多少牙，終其一生，馬偕總共為台灣人拔了超過兩萬一千顆牙。中法戰爭時，法軍進犯北台灣，驚慌的民眾仇視一切外國人及基督教，於是聚眾拆毀教會、挖掉基石，然而法軍猛烈轟炸淡水的結果，卻使偕醫館內外都擠滿受傷的士兵，馬偕因盡心盡力的照顧他們，還受到清廷的褒獎,他真的很善良很棒