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使我們瞭解為何以有限的基因可以對無數的抗原產生無數的抗體；在醫學方面，由於免疫機能的錯亂而造成了過敏及自體免疫的疾病，過敏性氣喘症因繼發性的過敏反應，使巨噬細胞（macro-phage） 、中性白血球及嗜伊紅白血球在氣管浸潤而使之久治不癒，其中分泌的多種細胞激素（cytokine）造成更多的細胞浸潤，類固醇治療可以打破免疫疾病包括紅斑性狼瘡、硬皮病、混合性結締組織疾病、
多發性肌炎、皮肌炎、修格蘭症候群（Sjogren'ssyndrome） 、血管炎等，都有其特有的自體抗體產生，抗體的測定有助於這些疾病的診斷。另外有些疾病病人常特有某些HLA類型，亦有助於診斷，而某些HLA也可能是某些疾病的致病基因，由於HLA的瞭解，促成器官移植捐贈者與接受者適當的HLA匹配，提高了移植的成功率。體內女性荷爾蒙也會降低CD8 cell功能而使自體免疫惡化。這種惡性循環。