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故事一開始用六弄咖啡館的老闆與梁小姐之間的對話開啟老闆的回憶之旅 , 回憶一開始用男主角關閔綠與他的好朋友蕭柏智之間的惡作劇帶出關閔綠暗戀班上一位叫李心蕊的同學 , 後來在一次玩遊戲打賭的情況下 , 心蕊與閔綠之間有了更多的互動 , 而閔綠也在跟心蕊互動越來越頻繁的情形下決定努力考大學 , 後來在閔綠急起直追的努力下 , 如願以償的考上了大學也跟心蕊在一起了 , 只可惜他並沒有跟心蕊考上同一所大學而是跟柏智同一間 , 上了大學後 , 閔綠努力的工作 , 只為了能常常上台北見心蕊 , 想盡辦法減輕遠距離戀愛的可怕威力 , 只可惜事與願違 , 隨著無法天天陪在彼此身邊 , 在心蕊遇到變態跟蹤時閔綠無法及時在身邊 , 加上人都會改變 , 閔綠與心蕊之間終究無法維持男女朋友的關係 , 而閔綠失去心蕊的同時也失去了一直以來的支柱 , 他的母親 , 於是在母親的喪禮上 , 情緒到達臨界點的閔綠跟柏智大打了一架 , 最後閔綠跪地痛哭 , 彷彿失去了一切 , 三個月後 , 在高中的同學會上 , 閔綠約心蕊出去 , 放如果他考上大學後就要放的煙火 , 柏智出來看到閔綠 , 閒聊了一下 , 柏智說他會在原地等他 , 叫閔綠不要放他鴿子 , 後來時間回到現在 , 在聽了故事後 , 梁小姐決定打電話給男朋友去解決他們之間的遠距離問題 , 而關老闆回到了家 , 收了信 , 其中一封寫著蔡心怡 , 也就是柏智在高中時期暗戀的對象 , 然後進房間吻了心怡之後回到客廳打開他們高中時期的一個寫著 : [ 每週一弄 , 不弄會死 ]的盒子 , 裡面有一封信 , 原來那封信是關閔綠寫給蕭柏智的遺書 , 也揭曉了這名關老闆並不是關閔綠而是蕭柏智 , 看完信之後 , 柏智走到了他與閔綠之間有共同回憶的沙灘上 , 做了他們高中時期共同想出的舞蹈 , 代表著他很思念閔綠 , 而結尾彩蛋 , 一個女孩站在陽台上面對著大海 , 拿著寫著六弄咖啡館的杯子 , 旁邊有一隻貓走進來, 女生轉側臉對貓說 : [嗨 , 小綠] , 代表著在心蕊心中 , 還存在著小綠
因為咖啡，睡不著，聽了整晚的故事，藤井樹把所有的讀者變得和書中這位梁小姐一樣，再聽一個人的故事。藤井樹在上本微雨之城寫說:人生的故事，也有一部分是遺憾造成的。這本六弄咖啡館遺憾真太大了